Сериал «Инквизиция» погружает нас в первую половину XVI века, эпоху могущества святой инквизиции с одной стороны и мракобесия – с другой. На Римском католическом троне – Папа Климент XII, до которого доходит весть о страшных злодеяниях, творящихся во французском городке Карпантра. Неизвестные с дьявольской жестокостью лишают жизни местного священнослужителя, распяв его на кресте перед церковью и предав огню. Кому перешел дорогу несчастный аббат Тюйяр? На этот вопрос должен ответить доверенный помощник Папы – инквизитор Барналь, направляющийся с расследованием в Карпантру. В полномочиях Барналя – судить и карать.

Между тем, в городе происходят типичные средневековые события: тайные врачевания и заговоры, по всей стране идет охота на ведьм. Давид со своим сыном Самюэлем, втайне от церкви, проводят врачебные опыты. Спасая рожающую женщину, они становятся невольными свидетелями надругательства над аббатом, о чем становится известно приступившему к расследованию Барналю. В эти времена родиться с рыжими волосами означает одно – вызвать подозрение в колдовстве. Несчастная Мадлен, прячущаяся от закона и церкви, выдает врачевателю Давиду страшную тайну: тело мученически распятого аббата перед смертью было покрыто зловещими знаками черной смерти – чумы. Что это – начало очередного кошмара?

Идущий по следу великий инквизитор пытает отца спасенного Давидом и Самюэлем ребенка, которых теперь ждет стандартная по средневековым церковным законам процедура бесчеловечных допросов. Не выдержав, они сознаются в колдовстве. В стремлении спасти Самюэля, Давид открывает Берналю страшные тайны, к которым примешивается зарождающееся у инквизитора подозрение в заговоре из самого Рима. Круг подозреваемых становится все шире. Наказание будет суровым, но будут ли найдены истинные убийцы?

Но за бедой следует беда: новая страшная трагедия потрясает Карпантру: вслед за Тюйяром на кресте распят епископ Лаплотт. И вновь на теле священника ужасные отметины «черной смерти».
А она не ждет, победным шествием идет по городам и устилает дороги мертвецами. И все труднее удержаться на церковном троне Папе Клименту XII. Инквизитор во всем обвиняет ведьму Мадлен, а юный врачеватель Самюэль, который оказывается приемным сыном Давида с настоящим христианским именем Николя, подходит к решению загадки со своей стороны: он обвиняет в распространении чумы крыс.
Какие еще бедствия ждут проклятый Богом город? Серьезные испытания и ответы на многие вопросы ждут героев сериала в поисках истины.